Początki osady Batorz sięgają wczesnego średniowiecza, kiedy to na wzgórzu zwanym dzisiaj Zamczyskiem, wybudowano gród obronny otoczony wałami i fosą. Było to prawdopodobnie na przełomie VII- VIII wieku. Gród ten strzegł bezpieczeństwa kupców, którzy podążali przebiegającym w pobliżu szlakiem handlowym z Zawichostu na Ruś. Prawdopodobnie gród istniał do XII- XIII wieku, potem został zniszczony.
Około XI wieku u stóp grodu powstała osada, która w XII wieku należała do Awdańców, następnie włączona została do dóbr królewskich. W 1377 roku Ludwik Węgierski nadał Batorz Dymitrowi i Janowi z Klecia, a w latach późniejszych właścicielami byli Tęczyńscy. Ostatecznie w 1595 roku Batorz stał się własnością kanclerza i hetmana wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego, który włączył wieś do ordynacji zamojskiej.
Podczas powstania styczniowego, 6. września 1863 roku na terenie Batorza miała miejsce krwawa bitwa pomiędzy oddziałem powstańczym Marcina Borelowskiego "Lelewela" a Rosjanami. Poległych w tym płk Borelowskiego pochowano na miejscowym cmentarzu. Ich groby miejscowa ludność otoczyła szczególną czcią. W 1933 roku wydarzenie to upamiętnione zostało przez mieszkańców usypaniem kopca, na którym stanął kamienny pomnik i drewniany krzyż
W czasie okupacji hitlerowcy dokonywali w Batorzu rozstrzeliwań Żydów i Polaków. W kwietniu 1943 roku przeprowadzili pacyfikację wsi, podczas której zamordowali 13 osób i wiele aresztowali. W 1989 roku wzniesiono ku czci ofiar terroru pomnik obok kościoła parafialnego.
Podczas II wojny światowej aktywnie działały na tym terenie ugrupowania partyzanckie różnych orientacji politycznych.